《表4 金铁锁SSR-PCR正交实验极差分析》

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《金铁锁SSR-PCR反应体系的建立与优化》

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4因素4水平的不同组合的金铁锁SSR-PCR结果存在明显差异。从图2可以直观地看出：16个体系中，引物、Taq DNA聚合酶、模板DNA、dNTP 4个因素用量组合不同，其扩增效果存在明显差异。由正交实验极差分析表（表4）可以直观分析出：RB>RC>RA>RD，即引物用量对该体系的影响最大，dNTP用量对该体系的影响程度最小。比较极差R值可以得出因子的主次顺序为B>C>A>D，即影响金铁锁SSR-PCR体系建立的因素从大到小的排列顺序为引物、Taq DNA聚合酶、模板DNA、dNTP。从图3中模板DNA、引物、Taq DNA酶和dNTP 4个因素对PCR结果的影响效应可以知道：A因素4个水平用量的影响大小顺序为A2>A4>A3>A1，即模板DNA用量为1.0μL影响最大；B因素则是B4>B3>B2>B1，即引物用量为2μL时影响最大；C因素则是C4>C2>C3>C1，即Taq DNA酶用量为0.3μL时影响最大；D因素则是D1>D2>D3>D4，即dNTP用量为0.3μL时影响最大。扩增效应最好的理论优水平组合为A2B4C4D1，即模板DNA用量为1.0μL，引物用量为2.0μL，Taq DNA聚合酶用量为0.3μL，dNTP用量为0.3μL。