《表3 候选区间内基因信息》

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《玉米籽粒突变体smk7的表型分析和基因定位》

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以Mo17为遗传背景的F2分离果穗为材料，利用CTAB法提取45个粒突变籽粒及其亲本DNA，利用20K GBTS靶向测序技术分析样本基因型。去除杂合及双亲之间无多态的位点后，共得到7903个SNP多态性标记，占总位点数的39.5%，其中1号染色体最多为1314个，10号染色体最少为586个（图7）。通过计算各条染色体，每个多态性SNP标记的基因型频率（SNP index），发现2号染色体上0.04 Mb～9.54 Mb区间可能与目标性状连锁（图8）。扩大定位群体，提取274个突变籽粒DNA，同时开发In0.83、In1.16、In1.9和In4.3若干对In Del标记，将SMK7定位在0.83 Mb～1.9 Mb区间。继续扩大定位群体到399，开发SNP1、SNP2、SNP3、SNP4和SNP5等若干对SNP标记，最终将SMK7基因定位在2号染色体的SNP2和SNP3两个SNP标记之间，左侧标记处交换单株数为4，右侧标记处交换单株数为9，物理距离为120 kb （图9）。利用Gramene （http://www.gramene.org/）网站检索到此区间内含有8个蛋白编码基因。对Zm00001d001818和Zm00001d001820两个基因进行测序并和B73序列比对发现无变化；其余6个基因分别编码:乙酰化酶家族蛋白（Zm00001d001819）叶绿体β亚基邻氨基苯甲酸合成酶（Zm00001d001823）、Dof锌指蛋白（Zm00001D001824）和WD40重复超家族转导蛋白（Zm00001D001825）；还有2个功能未知蛋白（Zm00001d001821和Zm00001d001822）（表3）。