《表3 牡丹花色候选基因中开发出的12对SSR引物信息》

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《基于RNA-seq牡丹SSR标记开发及通用性分析》

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本研究以调控与牡丹花色合成相关的基因为候选基因，在牡丹花瓣转录组数据库中搜索得到278条涉及调控花色形成相关的Unigenes。设计合成100对引物，以‘皇冠’嫩叶DNA作为模板对其进行有效性的初步检测，得到50对引物可以扩增出清晰稳定的目的条带，有效扩增率为50%，其中二核苷酸SSR位点有8对，三核苷酸19对，四核苷酸3对，六核苷酸18对。以8个表型性状差异明显的牡丹品种DNA为模板对50对引物进行多态性位点检测，其中有12对引物具有多态性（图1；表3），包括1个二核苷酸位点、6个三核苷酸位点和5个六核苷酸位点，多态性比例分别为12.5%、31.58%、27.78%。结果表明，牡丹EST-SSR中，三核苷酸位点的多态性是最丰富的，其次是六核苷酸位点。一般地，具有多态性的SSR标记与SSR位点中重复序列的长度呈正相关。