《表2 12对SSR引物信息》
F:正向引物;R:反向引物F:Forward primer;R:Reverse primer
SSR引物的获得方式有2种,3对从前人的研究中获得(Kaundun and Matusmoto,2002;Freeman,2004;刘振等,2008);9对从本实验室所用的杜鹃红山茶(Camellia azalea Wei)的转录组数据中开发获得(表2)。从每个杂交组合中各挑取1个杂交新品种进行引物筛选实验。初步挑选出60对引物,由上海桑尼生物科技有限公司合成;并用1%的琼脂糖凝胶电泳和8%的聚丙烯酰氨凝胶电泳进行筛选。PCR反应体系10μL,包括6.15μL 3dH2O、1.0μL 10×PCR Buffer(Mg2+free)、0.8μL Mg2+(25 mmol·L–1)、0.6μL dNTP(2.5 mmol·L–1)、正向和反向引物各0.4μL、0.15μL Taq酶(5 U·μL–1)和0.5μL DNA模板。PCR反应程序为:94°C预变性3分钟;94°C变性30秒,各引物退火温度退火30秒,72°C延伸1分钟,30个循环;72°C延伸10分钟,4°C保存。先用1%的琼脂糖凝胶电泳检测各引物的扩增效率,然后用8%的聚丙烯酰氨凝胶电泳检测PCR产物多态性。各引物对扩增产物的上样量为1.5μL,分子量标准为50 bp DNA Ladder,180 V电压下电泳2小时,0.1%AgNO3染色15分钟,NaOH显色,拍照保存以备分析。将挑出的60对引物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选,获得12对条带清晰、多态性和稳定性高的引物,用于后续荧光毛细管电泳(表2)。
图表编号 | XD0049127400 严禁用于非法目的 |
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绘制时间 | 2019.01.10 |
作者 | 陶乃奇、张斌、刘信凯、周和达、钟乃盛、严丹峰、张敏、高继银、张文驹 |
绘制单位 | 复旦大学生命科学学院生物多样性科学研究所生物多样性与生态工程教育部重点实验室、上海星源农业实验场、上海市农业发展促进中心、棕榈生态城镇发展股份有限公司、上海星源农业实验场、棕榈生态城镇发展股份有限公司、棕榈生态城镇发展股份有限公司、复旦大学生命科学学院生物多样性科学研究所生物多样性与生态工程教育部重点实验室、棕榈生态城镇发展股份有限公司、复旦大学生命科学学院生物多样性科学研究所生物多样性与生态工程教育部重点实验室 |
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