《表3 SSR引物信息：基于四倍体马铃薯全基因组重测序信息开发抗紫顶病连锁分子标记》

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《基于四倍体马铃薯全基因组重测序信息开发抗紫顶病连锁分子标记》

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利用CLC Genomics Workbench 11.0.1软件，对contigs进行BSA分析发现，对PPT抗性/感病的群体剔除组内SNPs（8 371/8 662）后，得到两条组内一致性super contigs（884 108 296 bp/884 113 372 bp），利用基于Perl语言的MISA程序对抗/感的super contigs进行1～6个重复单元的SSR位点搜寻，其中在抗性的contig中找到SSR位点10 337个，在感病的contig中找到SSR位点11 131个（表2）。以抗病群体为例，SSR在12条染色体中的平均分布率达80.29%，剩下的19.71%分布于未能mapping的reads中。通过注释，发现位于马铃薯基因功能区域的SSR位点为75.74%，其余24.26%分布于间隔转录区（图3）。为了开发和PPT性状紧密连锁的分子标记，对分离群体挖掘的SSR位点进行比对，共找到298个和抗性紧密连锁的SSRs标记（表2）。在候选的SSR标记中，随机挑取9个进行引物设计（表3）。