《表2 相似度大于70%的获注释已知次级代谢产物基因簇》

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《绿针假单胞菌泛基因组分析及次级代谢通路挖掘》

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用Anti SMASH在线工具识别和预测具有编码次生代谢产物功能的基因簇，结果发现，绿针假单胞菌合成次级代谢产物能力较强，每株菌均能预测到12～17个次级代谢基因簇，基因簇多少与基因组大小无直接相关性。46株菌总共预测到643个基因簇，共注释到27类，按被注释到的频次多少排序可知（图5），非核糖体肽合成酶（NRPS）出现频次最高，为120次；然后依次为细菌素（bacteriocin，90次），高丝氨酸内酯（hserlactone，60次），芳基多烯（arylpolyene，48次），NRPS-like(45次），β内酯（betalactone，43次），铁载体（siderophore，42次）。说明已经测序的46株绿针假单胞菌的主要次级代谢产物可能是细菌素、高丝氨酸内酯、芳基多烯和铁载体类化合物。在全部预测到的基因簇中，有408个与已知基因簇存在一定同源性，其中，同源性大于70%的有35个（表2）；同源性为100%的有32个，主要是吡咯菌素（pyrrolnitrin）和绿脓菌素（pyocyanine），说明绿针假单胞菌4个亚种普遍具有产生吡咯菌素和绿脓菌素的能力。而大量同源性较低的基因簇预示着绿针假单胞菌中存在大量新的次级代谢产物。