《表1 Alpha多样性指数》

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《基于Illumina MiSeq高通量测序技术分析不同保质期鸡蛋干的微生物群落多样性》

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根据97%相似性水平下的OTU信息，采用Alpha多样性指标的Shannon、Simpson、ACE、Chao1及Coverage指数对鸡蛋干样品微生物物种的丰富度和多样性进行评估[14]。如表1所示，3组样品的Coverage指数都达到了0.999以上，即样品文库的覆盖率足够高，有未被检出序列的可能性较小，表明本次试验所建文库能够较准确地反映出待测鸡蛋干的微生物多样性情况。Chao1、ACE指数用于计算菌群丰度，二者的值越大，说明样品的群落丰富度越高；Shannon、Simpson指数用于计算菌群多样性指数，Shannon的值越大，说明样品群落多样性越高，而Simpson指数值越大，则说明其群落多样性越低[18]。22 d组的鸡蛋干样品ACE、Chao1及Shannon指数最高，Simpson值最低，这说明该组样品的细菌群落丰富度及多样性高于其他2组样品，可能由于该组样品的原料中及加工过程中污染的细菌种类最多；29 d组鸡蛋干样品的ACE、Chao1及Shannon指数均为3组中最小，这说明了该组样品中细菌群落丰度及多样性最低，可能由于该组样品的原料中及加工过程中受到的污染程度较低。综上，经Alpha多样性指数统计分析可知，鸡蛋干样品的物种多样性由高到低依次为22 d组、15 d组和29 d组。此结果显示，相比于污染的微生物物种的多样性，鸡蛋干所污染微生物的具体种类可能与鸡蛋干的保质期相关性更大，这与孙同辉等[11]的报道相一致。