《表3 CHIKV-JC2012与其他分离株的核苷酸 (氨基酸) 的同源性比较》

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《浙江省首次分离基孔肯雅病毒全基因序列特征分析》

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注:括号内为氨基酸同源性。

CHIKV-JC2012基因组的核苷酸、氨基酸组成及基因组结构符合基孔肯雅病毒的典型特征。从表3可以看出，CHIKV-JC2012与印度尼西亚分离株0706aTw同源性最高，核苷酸和氨基酸同源性分别达到98.3%和99.6%；与塞内加尔分离株37997和HD180760的核苷酸和氨基酸同源性分别81.7%~81.8%和94.3%~94.4%；与孟加拉国分离株0810aTw、印度分离株IND-06-TN1、我国分离株GD05/2010、留尼旺分离株LR2006_OPY1、毛里求斯分离株Wuerzburg及S27-African株的核苷酸和氨基酸同源性分别91.4%~92.1%和96.6%~97.0%；与印度分离株IND-73-MH5、美国分离株TSI-GSD-218-VR1、菲律宾分离株Hu/85/NR/001的核苷酸和氨基酸同源性分别95.3%~97.0%和98.2%~98.7%。与阿尼昂尼昂病毒（O′Nyong-Nyong virus，ONNV）核苷酸和氨基酸同源性分别为72.6%和84.7%。