《表2 SCMV分离物中基因组区域的核苷酸和氨基酸同源性》

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《玉米矮花叶病毒分离物基因组克隆及多样性分析》

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本研究采用“先分段扩增再拼接全长”传统基因组扩增方法，对测序结果进行了比对和拼接，拼接完成的SCMV基因组通过BLAST分析（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）发现，35个SCMV分离物同在线SCMV的氨基酸和核苷酸一致率均为100%，有1份分离物（命名为Shanxi＿2）与所有报道SCMV分离物在氨基酸和核苷酸水平均有差异，是1个新的SCMV分离物。该分离物全基因组全长9 539 bp，3'-UTR端长233 bp，5'-UTR端长114 bp，包含一个大的开放阅读框，推定的ORF从ATG（115～117 bp）开始，编码一个含有3 063个氨基酸的多聚蛋白，分子量为346.193 k Da。通过与已公开的SCMV序列比对发现该多聚蛋白可以被切割为10个成熟的蛋白（图1），分别为（P1、Hc-Pro、P3、6K1、CI、6K2、NIa-Vpg、NIa-Pro、Nib、CP）。结合在线的8个SCMV基因组，对SCMV进行了一致率分析。结果显示这9个分离物的CP基因间核苷酸同源性最高为92.8%～95.3%（表2），CI基因间氨基酸同源性最高为97.6%～98.3%，P1基因间核苷酸和氨基酸同源性最低分别为85.7%～89%、90.6%～94.8%。该结果表明，在核苷酸水平CP保守性最高，在氨基酸水平CI保守性高，而P1蛋白在氨基酸与核苷酸水平保守性均低。