《表2 SVA/CH/ZZ/2016与参考株核苷酸以及氨基酸同源性比较》

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《塞内卡病毒CH/ZZ/2016株全基因组测序与分析》

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注：括号内数据为氨基酸的同源性。

使用DNAstar软件包中Meg Align软件，对SVA/CH/ZZ/2016株与国内外8株参考毒株编码区核苷酸以及氨基酸同源性进行比较。结果（表2）显示，L基因的核苷酸同源性为97.0%～99.2%，VP4基因为95.8%～98.9%，VP2基因为94.2%～98.1%，VP3基因为92.6%～98.9%，VP1基因在90.9%～98.5%之间，2A基因在85.2%～100%之间，2B基因为93.2%～99.2%，2C基因为92.9%～98.4%，3A基因为91.9%～99.3%，3B基因为97.1%～100%，3C基因为92.5%～98.3%，3D基因为95.4%～98.6%。从总体上看，结构蛋白基因P1的核苷酸同源性低于非结构蛋白基因P2和P3。而P1中VP4基因同源性较高，VP1基因同源性较低，说明VP1基因是结构蛋白中变异最大的基因。