《表3 野生型和突变体bc17倒伏指数计算》

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《一个新的水稻脆秆突变体bc17的鉴定及基因定位》

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*表示显著差异（P<0.05），**表示极显著差异（P<0.01）。

用bc17/9311杂交组合F2分离群体中的97株脆秆表型植株作为定位群体。选取均匀分布于12条染色体上的408对SSR分子标记对bc17和9311两亲本进行多态性筛选，将具有多态性的110对引物检测亲本。F1基因组DNA以及突变混池DNA （选取20个脆性单株等量DNA混合）进行连锁分析，其中7号染色体上的SSR引物RM500和RM3743与突变体具有良好的连锁性。利用bc17/9311杂交组合的682株F2脆秆表型植株扩大群体进行精细定位，在RM500～RM3743之间设计多个In Del分子标记，最终将bc17定位在UP-81至DN-25之间，物理距离约162 kb的区间内（表5和图4）。在水稻基因组注释网站（http://rice.plantbiology.msu.edu/）上进行生物信息学分析，结果发现定位区间内有25个编码蛋白，查询这25个蛋白的RNA-Seq FPKM （fregments per kilobase per million）表达量，该区间内蛋白表达量差异较大，其中10个蛋白FPKM值很低，几乎检测不到；结合基于序列比对的生物信息学的预测发现，其中8个蛋白预测结果为转座相关蛋白，成为bc17的候选基因可能性较低。通过对其中7个功能基因测序，在序列上没有发现涉及功能改变的序列差异，需要进一步进行启动子测序或者表达分析来确定可能的候选基因。在bc17定位区间预测有功能的基因涉及到氨基转移酶（LOC＿Os07g27780）、O-甲基转移酶（LOC＿Os07g27880）、硫酯酶（LOC＿Os07g27870）等，都有可能影响到细胞壁组分的改变，而这些基因目前还没有相关研究报道。除了O-甲基转移酶在RNA-seq数据库中仅在叶片中表达外，氨基转移酶和硫酯酶全生育期表达，其中硫酯酶在萌发前的花序中FRKM值为9.61，萌发后花序中FRKM值为31.63，表达量具有时空特异性，很可能是bc17的候选基因。