《表3 野生二倍体甘薯Sporamin基因亚家族的来源》

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《甘薯Sporamin基因家族的结构特征及系统进化分析》

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系统进化树既是基因亲缘关系的衡量依据，也可作为基因进化速率的相对判断标准。依据Muscle多序列比对，分析Fastree构建的Sporamin基因家族系统进化树。3个甘薯Sporamin基因的系统进化树显示甘薯与野生二倍体甘薯Sporamin基因的亲缘关系较近，与三裂叶薯亲缘关系较远，且三裂叶薯在进化树中分布较为集中。以野生二倍体甘薯为例的系统进化树显示，其拓扑结构可明显分成三个分支，分别为IF＿SUB1、IF＿SUB2、IF＿SUB3，其中IF＿SUB2分支Sporamin基因的整体进化速率要高于其他两个分支。进一步的分析发现IF＿SUB1、IF＿SUB2和IF＿SUB3有串联重复、I-WGT和C-WGT 3个来源（表3），其中IF＿SUB2保留了较少比例WGT来源的重复基因（19.23%和15.38%），在IF＿SUB1和IF＿SUB3中WGT来源基因的比例仍然很高（>36%）。因此，可推测出较少比例的WGT重复基因，导致IF＿SUB2中Sporamin基因的进化速率加快。局部的系统进化关系还显示，Sporamin基因的亲缘关系表现出明显的同染色体聚合现象，如系统进化树中06号染色体的ift06g11-400.t1、ift06g11380.t1、ift06g11450.t1和ift06g11390.t1亲缘关系很近，01号染色体的ift01g01780.t1和ift0-1g01830.t1亲缘关系也很近。依据这种特性，可通过基因簇的系统进化关系推测未定位基因的染色体所属关系。如ift00g13410.t1和ift00g13440.t1应与临近的基因簇属于同染色体，即11号染色体。