《表1 花生bZIP基因家族成员在二倍体基因组上的物理位置》

《表1 花生bZIP基因家族成员在二倍体基因组上的物理位置》   提示:宽带有限、当前游客访问压缩模式
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《花生bZIP基因家族全基因组鉴定及抗旱表达分析》


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通过HMMER 3.0软件搜索AA、BB基因组及转录组蛋白数据库,利用SMART与NCBI中Conserved Domains剔除不含保守结构域的蛋白序列后,在AA基因组鉴定到55个b ZIP家族成员,BB基因组鉴定到57个b ZIP家族成员,AABB转录组中鉴定到32个b ZIP家族成员。根据b ZIP基因家族成员在AA、BB基因组上的物理位置信息,绘制染色体定位图(图1),并根据家族成员在基因组的物理位置依次命名为:Aradub ZIP1~Aradub ZIP55与Araipb ZIP1~Araipb ZIP57(表1);同时将L422中鉴定得到的32个b ZIP家族成员与AA、BB基因组中的112个家族成员进行本地同源比对,分别获得23个和25个同源基因,非同源基因为9个和7个,并将其绘制于染色体定位图中(图1),依据家族成员在转录组中的ID顺序依次命名为:Ahyb ZIP1~Ahyb ZIP32(表2)。染色体定位结果表明,AA基因组中的55个b ZIP家族成员和BB基因组中的57个成员,分别位于A1~A10和B1~B10的10条染色体上,其中,AA基因组各染色体平均5.4个,除Aradub ZIP55未定位到任何染色体外,A10和A06最多(均为9个),A09最少(2个);BB基因组各染色体平均5.6个,其中B10最多(11个),B04和B09最少(均为2个);32个四倍体b ZIP家族成员,除A04与B04以外,分布于18条染色体上(表1、图1)。