《表3 不同植物扩展蛋白及其各亚家族内基因数目》

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《陆地棉扩展蛋白基因的鉴定与特征分析》

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根据拟南芥和水稻扩展蛋白的基因序列（作为query），通过BLAST比对搜索过程，初步鉴定出棉属准扩展蛋白家族成员。然后通过HMMER检测pfam01357和pfam03330 2个结构域存在与否，最终确认为扩展蛋白。在陆地棉中，共鉴定出72个扩展蛋白家族成员（表2）；同时，在二倍体物种亚洲棉中，鉴定出39个扩展蛋白基因，与在雷蒙德氏棉中鉴定出的扩展蛋白数量一致[46]。其中，同为双子叶植物的拟南芥、杨树和大豆中，拟南芥和杨树的扩展蛋白基因数量与二倍体棉相近，大豆的扩展蛋白数量则与四倍体棉相近（表3）。基于本研究所鉴定的棉花、拟南芥和水稻扩展蛋白的系统发育树分析，将陆地棉和亚洲棉扩展蛋白划分为4个亚家族（EXPA、EXPB、EXLA和EXLB）。陆地棉的72个扩展蛋白成员中，46个属于EXPA亚家族，8个属于EXPB亚家族，6个属于EXLA亚家族，12个属于EXLB亚家族。亚洲棉39个扩展蛋白成员的亚家族分布与雷蒙德氏棉类似，EXPA、EXPB、EXLA和EXLB 4个亚家族的成员数分别为26、4、3和6个。数据显示，四倍体陆地棉中扩展蛋白成员的数量几乎是二倍体棉种（亚洲棉与雷蒙德氏棉）的2倍（四倍体陆地棉中EXPA亚家族的成员数量（46）比二倍体的数量（26）的2倍少），说明二倍体经过远缘杂交和基因组加倍形成四倍体后，扩展蛋白家族内的成员得到继承，仅亚家族EXPA中的个别成员发生了丢失。在各个亚家族内，根据各基因在染色体上的位置顺序，对陆地棉扩展蛋白基因进行了命名（表2）。