《表2 四倍体棉花GAE基因家族保守基序》

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《四倍体棉花GAE基因家族的鉴定及其在棉纤维发育中的表达分析》

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保守结构域分析表明，GAE家族结构域含有多个保守性的氨基酸残基，如T200、W318、W380、C425等，部分保守性氨基酸残基组成GAE家族特有的保守基序（图3）。GAE家族存在4个保守基序（表2），第1个是TDQPASLYAATKKAGE-EIAHTYNHIYGLSLTGLRFFTVYGPWGRPDM-AYF，整体表示为TDQPASLYAATKKAGEEI[AT]HTYNHIYGLS[LI]TGLRFFTVYGPWGRPD-MAYF（图3中用细实线标出）。第2个保守基序是FTHVMHLAAQAGVRYAMZNPGSYVHSNI-AGFVNLLEVCKSANPQPAIVWA，整体表示为FTHV[ML]HLAAQAGVRYAM[EQ]NP[GQ]SY-V HSNIAG[FL]V[NST]LLEV[CA]K[SA]ANPQ-PAIVWA（图3中用粗实线标出）。第3个保守基序是MKLPRNGDVPFTHANISLAQRELGYKPT-TDLQTGLKKFVRW，整体表示为[MV]K[LM]P[RG]NGDV[PQ]FTHAN[IV][ST]LAQ[RK][ED][LF]GYKP[TS]TDLQ[TA]GL[KR]KFV[RK]W（图3中用细虚线标出）。第4个保守基序是KGCL GALDTAEKSTGSGGKKKGPAQLRVYNLG，整体表示为KGCL[GA][AS]LDT[AS][EKG]KST-GSGGKK[KR]GPA[QP][LY]R[VI][YF]NLG（图3中用粗虚线标出）。21个GhGAEs和22个GbGAEs基因有4个相同的保守基序，存在共同的氨基酸残基，保守性较强；但基因间又存在一定的差异，这些差异可能是导致基因功能发生分化的主要原因。