《表1 密码子组成及使用参数》

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《桃基因密码子使用模式及其偏好性分析》

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PR2-plot分析以A3s/（A3s+T3s）和G3s/（G3s+C3s）为横纵坐标，分析密码子第3位上核苷酸碱基组成情况，通过中心点（A=T；C=G）发出的矢量直观地显示偏离碱基的类型和偏离程度。通常情况下，若DNA双链的中性突变率和所受的选择压力没有偏差，A3s、T3s、G3s、C3s总体上遵循A3s=T3s和G3s=C3s规律，则在PR2-plot图中表现为基因聚集分布于中心处（图3）。但通过对桃所有基因的PR2-plot分析发现，基因整体表现出偏离中心点的趋势，即对密码子第3位碱基的使用存在偏好性。这表明桃密码子偏好性除了受已知的核苷酸中性突变影响外，应该还受其它因素影响，如选择压力等。