《表1 陆地棉ARF与LAV基因的序列属性Table 1 Sequence characters of ARF与LAV genes identified in upland cotton》

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《陆地棉ARF与LAV家族成员鉴定及表达模式分析》

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通过对数据库进行查询和比对，并利用pfam蛋白数据库得到陆地棉ARF与LAV家族的结构域HMM序列，结合“DNATOOLS”软件，以HMM序列为标准序列，对陆地棉全基因组进行Blastp（E-value=0.001）序列比对，并且有63个候选基因初步筛选出来。接下来又通过MEGA5.0软件提供的Clustal W工具进行多重序列比对，以及pfam和SMART程序进行结构域分析，对重复序列和没有B3保守结构域的序列进行了删除，最终有57个陆地棉候选基因被确定。根据保守特征基序候选基因可以明显分为ARF与LAV 2个家族，其中ARF家族共49个成员，LAV家族共8个成员（表1）。据前人研究，LAV家族又可以分为VAL和LEC2-ABI3两个亚族，其中VAL具有zf-CW特征域。本研究中筛选到的8个LAV均具有具有zf-CW特征域，故属于VAL亚家族。同时，通过Ex PAsy（http://www.expasy.org/）在线工具，分析了各家族成员中氨基酸序列的属性。由表1可以发现，ARF家族成员中，氨基酸长度变化幅度较大，在562（Gh ARF36）~1 102（Gh ARF32）个残基之间，相对分子量大小在62.94（Gh ARF36）~121.96（Gh ARF32）k Da之间，大多数成员的等电点偏酸性，但总体跨度较大，在5.19（Gh ARF30）~9.07（Gh ARF34）之间。