《表2 三仁汤君药活性化合物及相关化学药物与SARS-CoV-2 3CL水解酶的Vina得分》

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《网络药理学及分子对接法探讨三仁汤主要成分对新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的机制研究》

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a对接口袋的中心坐标；b对接口袋在x、y、z轴方向的大小

CB-Dock网站可预测给定蛋白质的结合位点，使用基于曲率的新型腔检测方法来计算中心和大小，执行AutoDock Vina（1.1.2版本）分子对接。输入蛋白质结构（PDB格式）后，网站通过Cyscore经验评分函数对疏水性自由能、范德华相互作用能、氢键能和配体熵的影响进行处理，提高预测精度。SARS-Co V-2、SARS-CoV以及中东呼吸综合征冠状病毒（middle east respiratory syndrome coronavirus，MERS-CoV）三者同为β属冠状病毒，具有高相似性。研究表明，瑞德西韦（Remdesivir）及氯喹（Chloroquine）可在低浓度下能有效控制Vero E6细胞的SARS-CoV-2感染情况[9]，而利托那韦（Ritonavir）[10]、洛匹那韦（Lopinavir)[11]及利巴韦林（Ribavirin)[12]为抗SARS-CoV和MERS-CoV的有效药物，因此增加上述5种化学药物与三仁汤君药活性成分进行比较。通过PDB数据库查找SARS-CoV-2 3CL水解酶（Mpro）的三维结构（PDB:6lu7），下载化合物MOL结构式，分别导入CB-Dock网站进行分子对接。Vina得分（Vina score）是用Vina程序以相应的口袋参数对受体和配体进行分子对接所得到复合物的得分，值越低代表受体和配体亲和力越高。对接结果提示，与SARS-CoV-2 3CL水解酶亲和力最高的前5位依次是洛匹那韦、瑞德西韦、白桦脂酸（MOL000211）枣素（MOL003410）及齐墩果酸（MOL000263），且得分相对接近（表2和图6）。