《表4‘14-1’与‘Hime Pineapple’间的DNA差异序列的同源性比对分析》

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《矮凤梨短营养期突变体‘14-1’分子变异的AFLP分析》

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上述76条差异性条带经回收和二次PCR扩增后获得19条有效条带。对有效条带进行克隆和筛选，并以菌落PCR检测确认阳性克隆，所有阳性克隆均能扩增出目的条带。对阳性克隆进行测序，将获得的序列去除引物和质粒序列后，比对到‘14-1’与‘Hime Pineapple’成花过程的比较转录组数据中，结果未发现同源序列，表明这些特异序列可能位于基因非编码区（基因间隔区、基因调控序列区或内含子区）。再将这些序列信息同时在NCBI上BLAST比对，经同源性和功能相关性筛选后发现，其中17条序列在GenBank中无同源序列，可能代表未知功能基因，或位于基因间隔区；另外2条序列（编号：E3M2-C1、E3M2-S2）可匹配到同源序列，与菠萝基因MADS-box transcription factor 6-like（Gene ID:LOC109707345，以下简称为AcMADS6）同源性较高，分别为93.33%和92.92%（表4），同源片段长度分别为86 bp和127 bp，同源序列位于菠萝参考基因组（Ming et al.，2015）3号染色体上。