《表2 lncRNA生物学信息列表Tab.2 List of biological information of lncRNAs》

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《心肌梗死相关lncRNA的筛选及表达模式分析》

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我们进一步对这10个心肌梗死相关lncRNA的生物学特性进行了生物学信息分析和总结（表2，见第744页）.首先，根据其在基因组的位置及其与临近基因的位置关系分析发现，其中9个lncRNA位于基因间且不与蛋白编码基因有重合区域，即属于基因间lncRNA（intergenic lncRNA）.只有lncRNA-uc007edt与蛋白编码基因Sertad4发生重合，且前者位于正义链而后者位于反义链上.并且UCSC数据库中显示lncRNA-uc007edt位于Open Regulatory Annotation（ORegAnno）中收录的调控原件（Regulatory elements）上，该调控原件（编码为OREG1569235）的类型（Region type）注释为转录因子结合位点.以上信息提示我们，lncRNA-uc007edt可能会招募转录因子并进一步调控基因Sertad4的表达，当然，这一推测尚需进一步的实验加以验证.此外，虽然这10个lncRNA在UCSC以及NCBI数据库中的注释都是“long non-coding RNA”，我们仍然利用在线工具Coding Potential Assessment Tool（http:∥lilab.research.bcm.edu/cpat/calculator_sub.php）和Coding Potential Calculator（http:∥cpc.cbi.pku.edu.cn/programs/cpc.do）对它们的开放读码框（Open Reading Frame，ORF）以及蛋白编码能力进行了预测分析，发现其中一些lncRNA存在着不同长度的ORF和不同程度的编码潜能，如表2所示.这些预测结果提示我们，lncRNA虽然不能编码功能蛋白，但也可能编码出不同长度的短肽，这些短肽是否具有生物功能也需要研究者们进一步的实验验证.