《表1 甘薯编码NBS-LRR蛋白的基因数量及其分类》

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《甘薯基因组NBS-LRR类抗病家族基因挖掘与分析》

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a:数据来源于[42]；b:数据来源于[43]；c:数据来源于[44]；d:数据来源于[45]。

采用snap程序对甘薯全基因组序列进行CDS区识别预测，得到甘薯15条染色体CDS序列178，458个。利用hmmsearch程序筛选甘薯基因组中含有NB-ARC结构域的序列，以E-value≤0.01为标准，获得相关蛋白序列432个。从中选取高特异蛋白质序列（E-value≤1E-60）构建甘薯特异的NB-ARC HMM模型，利用甘薯特异的HMM模型再次预测甘薯全基因组序列的NB-ARC保守结构域，获得甘薯含有NB-ARC结构域的特异蛋白序列735个（E-value≤0.01）。去除氨基酸长度小于200以及结构域缺失严重的序列，最终得到379个甘薯NBS-LRR家族基因，占甘薯全基因组基因数目（178，458）的0.212%。根据TIR/RPW8/LRR结构域和CC结构域分为N（NBS）、NL（NBS-LRR）、CNL（CC-NBS-LRR）、TNL（TIL-NBS-LRR）和PN（RPW8-NBS）4个亚家族类型（表1），其中N型120个，NL型103个，CNL型133个，TNL型22个，PN型1个。分析发现，NBS/LRR结构域重复数和位置存在差异，在序列结构域读取文件中含有RX-CC＿like结构域，此结构域为马铃薯抗X病毒和类似蛋白的Coiled-coil结构域（Coiled coil domain of the potato virus X resistance protein and similar proteins）[40]，记为Cx结构域，以区分Pepcoil程序得到的CC结构域。因此，根据NBS/LRR结构域重复数和位置差异、CC结构域类型进一步分为34个小类（表1）。