《表2 17-mer分析数据统计》

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《宽边黄粉蝶(Eurema hecabe)基因组Survey分析》


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用于17-mer分析使用的是黄粉蝶14.57 Gb的数据,得出其频率分布(图1)。以17-mer出现的次数作为横坐标,出现的频率作为纵坐标,17-mer分布曲线成峰情况较好。K-mer的期望深度即在44附近有个主峰值(图1)。13 022 Mb(约13 Gb)是K-mer的总数(表2)。可以通过公式计算,得出其基因组大小为285.34 Mb。基因组中杂合子和重复序列的存在影响了K-mer深度分布。如果杂合率较高,则在峰深的1/2处会出现一个小峰(Shi et al.,2018)。在期望深度1/2处有一个明显的凸峰,因此判断宽边黄粉蝶基因组具有较高杂合率的可能性;而黄粉蝶基因组重复序列含量较高,是因为K-mer曲线呈现明显拖尾(图1)。