《表2 17-mer分析数据统计》
杜鹃样本数据用于17-mer分析,映山红、皋月杜鹃的17-mer分布曲线均为非正常泊松分布,呈现双峰分布(图1A;图1B),映山红在27和54附近各有一个峰值,皋月杜鹃在36和72附近各有一个峰值,若按第一个峰为主峰计算,两样本估算出的基因组大小分别为1.2 Gb和1.1 Gb,若按第二个峰为主峰计算,两样本估算出的基因组大小分别为608 Mb和567 Mb。根据样本背景和前人基因组大小研究,我们推测第二个峰为主峰,第一个峰为杂合峰,根据K-mer num和K-mer depth(表2)结合公式(基因组大小=K-mer的总数/K-mer的期望深度)估计相应的基因组大小,映山红按照54X的深度计算出基因组大小为608 Mb,皋月杜鹃按照主峰为72X的深度计算得到基因组大小为567 Mb。同时,两个材料的K-mer曲线均有严重拖尾,暗示它们的重复序列比例很高。
图表编号 | XD0059070700 严禁用于非法目的 |
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绘制时间 | 2019.08.14 |
作者 | 周媛、资宏、童俊、董艳芳、毛静、徐冬云、方林川 |
绘制单位 | 武汉市农业科学院林业果树研究所湖北省园林植物工程技术研究中心、华中农业大学园艺林学学院、武汉市农业科学院林业果树研究所湖北省园林植物工程技术研究中心、武汉市农业科学院林业果树研究所湖北省园林植物工程技术研究中心、武汉市农业科学院林业果树研究所湖北省园林植物工程技术研究中心、武汉市农业科学院林业果树研究所湖北省园林植物工程技术研究中心、武汉市农业科学院林业果树研究所湖北省园林植物工程技术研究中心 |
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