《表2 17-mer分析数据统计》

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《杜鹃花属映山红与皋月杜鹃的基因组调查》


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杜鹃样本数据用于17-mer分析,映山红、皋月杜鹃的17-mer分布曲线均为非正常泊松分布,呈现双峰分布(图1A;图1B),映山红在27和54附近各有一个峰值,皋月杜鹃在36和72附近各有一个峰值,若按第一个峰为主峰计算,两样本估算出的基因组大小分别为1.2 Gb和1.1 Gb,若按第二个峰为主峰计算,两样本估算出的基因组大小分别为608 Mb和567 Mb。根据样本背景和前人基因组大小研究,我们推测第二个峰为主峰,第一个峰为杂合峰,根据K-mer num和K-mer depth(表2)结合公式(基因组大小=K-mer的总数/K-mer的期望深度)估计相应的基因组大小,映山红按照54X的深度计算出基因组大小为608 Mb,皋月杜鹃按照主峰为72X的深度计算得到基因组大小为567 Mb。同时,两个材料的K-mer曲线均有严重拖尾,暗示它们的重复序列比例很高。