《表1 鞘氨醇杆菌LF-16的基因组特性》

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《一株鞘氨醇杆菌LF-16的基因组测序与分析》

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通过软件Glimmer 3.02对鞘氨醇杆菌LF-16的基因组进行编码基因预测，共得到4 340个蛋白质编码基因，其平均核酸长度为937 bp（表1）。所有编码基因总长度为4 066 707 bp，占总基因组的88.9%，编码基因的GC含量为65.3%，略高于总基因组的GC含量。此外，利用软件Barrnap 0.4.2和tRNAscan-SE v1.3.1对基因组中的核糖体RNA（rRNA）和转运RNA（tRNA）进行预测。预测得到61个tRNA和12个rRNA，其中5S、16S和23S rRNA各有4个拷贝。通过RepeatMasker软件对LF-16的基因组进行串联重复序列（Tendam repeat）和散在重复序列（Interpersed repeat）进行预测，发现有32个串联重复序列，没有发现散在重复序列的存在。最短的串联重复序列只有4个碱基（5'-CTGC-3'），拷贝数为11；最长的串联重复序列有有384 bp，拷贝数只有两个。