《表2 疫苗株和ORFV-PN株ORFV011蛋白二级结构预测》

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《羊口疮病毒疫苗株和ORFV-PN株ORFV011基因的比较分析》


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通过Lasergene软件中Protean程序对疫苗株和ORFV-PN株ORFV011蛋白二级结构进行分析,结果(图4)显示:疫苗株和ORFV-PN株ORFV011蛋白抗原位点均分布在60~120、160~180、200~220、260~279位氨基酸,具有较好的柔韧性,前3个抗原可及性较高。由表2可知,疫苗株和ORFV-PN株ORFV011蛋白二级结构中α-螺旋、β-折叠和无规则卷曲较多,其中ORFV-PN株α-螺旋比疫苗株多14个,β-转角、β-折叠和无规则卷曲比疫苗株分别少3个、7个和4个。通过Swiss-Model在线软件提交疫苗株与ORFV-PN株ORFV011蛋白序列进行三维结构的预测,从造模结果发现,与磷酸酯酶D(Phospholipase D)结构相似性最高,与蛋白结构域预测结果相同。由图5(箭头所指位置)可以看出,疫苗株和ORFV-PN株ORFV011蛋白的三维结构有一定的差异,与二级结构预测结果一致,具体体现在无规则卷曲的程度和α-螺旋的长度上。