《表2 云南火焰兰转录组的SSR基元序列特征》

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《云南火焰兰转录组SSR分布及其序列特征分析》

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云南火焰兰转录组中的SSR碱基组成及比例如表2所示。云南火焰兰转录组SSR中，二核苷酸～六核苷酸重复基元的重复类型分别有6、30、66、43和105种，共有250种。二核苷酸中重复基元各基序所占比例排序为CT/GA（957个，占SSR总数的20.64%）>TC/AG（851个，占SSR总数的18.35%）>AC/TG（241个，占SSR总数的5.20%）>CA/GT（188个，占SSR总数的4.05%）>AT/TA（172个，占SSR总数的3.71%）>CG/GC(12个，占SSR总数的0.26%），分别占双碱基重复类型的比例为39.53%、35.15%、9.95%、7.77%、7.10%和0.50%（图1-A）。三核苷酸重复基元最多的为CTT/GAA(218个），占SSR总数的4.70%，占三碱基重复类型的11.93%；其次是AAG/TTC(178个），占SSR总数的3.84%，占三碱基重复类型的9.74%；以ATA/TAT最少（6个），占SSR总数的0.13%，占三碱基重复类型的0.33%（图1-B）。四核苷酸重复基元最多的为AAAT/TTTA(20个），占SSR总数的0.43%，占四碱基重复类型的10.10%（图1-C）。五核苷酸重复基元最多的是ATGCA/TACGT(2个）和CCCTC/GGGAG(2个），均占SSR总数的0.04%，占五碱基重复类型的3.85%（图1-D）。六核苷酸重复基元最多的是CCCTCT/GGGAGA(7个），占SSR总数的0.15%，占六碱基重复类型的5.07%（图1-E）。综上所述，云南火焰兰转录组SSR碱基组成中，低级基元类型较丰富，可在该种或该属植物中检出较多的遗传多态性。