《表1 小球藻叶绿体基因组主要参数》

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《小球藻叶绿体基因组密码子偏好性分析》


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利用CodonW 1.4.4和EMBOSS中的CUSP对小球藻叶绿体基因组中的38条候选基因进行分析(表1),平均的GC含量为37%,其中GC1(52%)>GC2(40%)>GC3(18%),即GC在密码子的3个位置上的分布并不均匀,且GC3S的含量仅为29%,表明密码子中的第3位碱基以A/T结尾为主。ENC的取值范围为30.18~61.00,其中38条CDS中有20条的ENC高于45,表明小球藻叶绿体密码子偏性不强。CAI的范围是-0.263~0.281,平均值-0.040。FOP的范围为0.311~0.585,平均值的范围为0.143~0.421,平均值为0.214,CBI为0.397。