《表1 大茎野生种Ty1-copia类反转录转座子碱基序列》

  提示：宽带有限、当前游客访问压缩模式

本系列图表出处文件名：随高清版一同展现

《甘蔗属大茎野生种Ty1-copia反转录转座子逆转录酶序列克隆与特点分析》

1. 获取 高清版本忘记账户？点击这里登录

1. 下载图表忘记账户？点击这里登录

用简并引物成功克隆了Ty1-copia类反转录转座子RT序列，随机选取83个单克隆测序，去除重复序列和过短序列，共获得60条Ty1-copia类反转录转座子序列，序列编号为SrTy1-copia-1～SrTy1-copia-60，GenBank登录号为MK781830～MK781889。从表1可知，60条Ty1-copia类反转录转座子序列富含AT碱基，AT比例为46.0%～62.0%；长度为257～266 bp，这与预期片段大小一致；且与NCBI数据库中比对，这些片段确为Ty1-copia类反转录转座子RT序列。利用软件PlantCARE对60条序列进行结构分析，发现大茎野生种Ty1-copia类RT序列存在多种调控元件（如CGTCA-motif、TGACG-motif等）多个启动子特征结构TATA-box与CAAT-box。将这些序列构建系统进化树，结果图1所示，60条序列可分为6个大分支，I类所含序列最多（21条），而且还分了很多小分支；II类所含序列相似度很高（17条），没有其他小分支，而III-VI类分别含有1条、9条、1条、11条序列。这些结果表明，由同一简并引物获得的大茎野生种Ty1-copia类反转录转座子并不完全一致，存在较高的异质性。