《表2 功能基因的名称与表型》

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《一种基于PCR的水稻SNP标记检测方法》

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从决定水稻品种特征的性状和特点出发，选择与水稻主要农艺性状密切相关的已知重要功能基因，具体信息如表2所示。通过相关网站（http://ricevarmap.ncpgr.cn/），下载整理上述功能基因的SNP位点2687个。结合相关文献，剔除效应为无义突变（Synonymous）、内含子（INNTRON），5’端非翻译区（UTR-5-PRIME）、3’端非翻译区（UTR-3-PRIME）等非功能位点，保留非无义突变（Non-Synonymous）、引入起始密码子（introduce initiation codons）、破坏起始密码子（disrupt initiation codons）、引入终止密码子（introduce stop codons）、破坏剪切位点（disrupt splice sites）等，且频率≤0.95的位点，最终获得功能性SNP位点1319个，继而合成SNP引物1319对。