《表1 引物及探针序列表:基于Taqman荧光ARMS-PCR技术检测CYP3A5基因多态性方法的建立》
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《基于Taqman荧光ARMS-PCR技术检测CYP3A5基因多态性方法的建立》
根据NCBI数据库提供的CYP3A5*3(rs776746)等位基因序列(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/snp_ref.cgi?do_not_redirect&rs=rs776746)及内参基因GAPDH的序列(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/AY340484.1?report=genbank&log$=nuclalign&blast_rank=86&RID=M24C6HSE01N;GeneBank序列号:AY340484.1),采用Primer premier 5.0设计Taqman荧光PCR特异性扩增引物和探针,产物长度为80~150 bp左右。为了提高ARMS-PCR引物的特异性,在CYP3A5*3和CYP3A5*1检测上游引物3′端SNP位点的临近位置引入错配核苷酸,如表1中加粗斜体字母所示。检测CYP3A5*3等位基因的Taqman探针5′端采用FAM荧光报告基团进行标记,3′采用BHQ1荧光淬灭基团进行标记。检测内参基因GAPDH的Taqman探针5′端采用VIC荧光报告基团进行标记,3′端采用BHQ1荧光淬灭基团进行标记。同时采用Primer premier 5.0设计CYP3A5*3的金标准Sanger测序引物,产物长度为300~400 bp。引物和探针均由上海生工生物股份有限公司合成。具体序列特征和探针标记见表1。
图表编号 | XD00141233300 严禁用于非法目的 |
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绘制时间 | 2020.01.18 |
作者 | 朱小亚、黄志文、蒋析文 |
绘制单位 | 卫生部医药生物工程技术研究中心临床医学分子诊断国家地方联合工程实验室广东省核酸分子诊断工程技术研究中心广东省临床医学分子诊断工程技术中心中山大学达安基因股份有限公司、卫生部医药生物工程技术研究中心临床医学分子诊断国家地方联合工程实验室广东省核酸分子诊断工程技术研究中心广东省临床医学分子诊断工程技术中心中山大学达安基因股份有限公司、卫生部医药生物工程技术研究中心临床医学分子诊断国家地方联合工程实验室广东省核酸分子诊断工程技术研究中心广东省临床医学分子诊断工程技术中心中山大学达安基因股份有限公司 |
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