《表1 引物及探针序列表:基于Taqman荧光ARMS-PCR技术检测CYP3A5基因多态性方法的建立》

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《基于Taqman荧光ARMS-PCR技术检测CYP3A5基因多态性方法的建立》


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根据NCBI数据库提供的CYP3A5*3(rs776746)等位基因序列(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/projects/SNP/snp_ref.cgi?do_not_redirect&rs=rs776746)及内参基因GAPDH的序列(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucleotide/AY340484.1?report=genbank&log$=nuclalign&blast_rank=86&RID=M24C6HSE01N;GeneBank序列号:AY340484.1),采用Primer premier 5.0设计Taqman荧光PCR特异性扩增引物和探针,产物长度为80~150 bp左右。为了提高ARMS-PCR引物的特异性,在CYP3A5*3和CYP3A5*1检测上游引物3′端SNP位点的临近位置引入错配核苷酸,如表1中加粗斜体字母所示。检测CYP3A5*3等位基因的Taqman探针5′端采用FAM荧光报告基团进行标记,3′采用BHQ1荧光淬灭基团进行标记。检测内参基因GAPDH的Taqman探针5′端采用VIC荧光报告基团进行标记,3′端采用BHQ1荧光淬灭基团进行标记。同时采用Primer premier 5.0设计CYP3A5*3的金标准Sanger测序引物,产物长度为300~400 bp。引物和探针均由上海生工生物股份有限公司合成。具体序列特征和探针标记见表1。