《表1 15组样品的测序统计结果与Alpha多样性指数》
注:表中的OTUs是相似性大于97%的有效OTUs,且已经注释;不同小写字母表示不同样品间达到显著性差异(P<0.05)。
去掉低质量的reads序列,完成对下机数据的质控,对有效数据进行统计。45个样品经过序列分析后,总共获得5 647 747 bp的有效数据量,全部样本的序列总数范围为98 440–147 912 bp,每组3个重复样本之间数据量接近。根据16S rRNA基因序列的相似性,将高于97%的序列聚类成为一个OTU进行统计,有86%(4 856 937 bp)的序列注释上OTU,参与后续统计分析。统计结果表明,共获得11 472个有效OTUs,详见表1。根据稀释曲线可知(图1),45个样品在测序深度达3 000条时,稀释曲线都趋于平缓,表明本次测序数据量合理,增加测序数据量对寻找新OTU无更大意义。
图表编号 | XD00131309900 严禁用于非法目的 |
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绘制时间 | 2020.01.01 |
作者 | 何肖云、饶秋华、刘兰英、傅建炜 |
绘制单位 | 福建省农业科学院农业质量标准与检测技术研究所、福建省农产品质量安全重点实验室、福建省农业科学院农业质量标准与检测技术研究所、福建省农产品质量安全重点实验室、福建省农业科学院农业质量标准与检测技术研究所、福建省农产品质量安全重点实验室、福建省农业科学院农业质量标准与检测技术研究所、福建省农产品质量安全重点实验室 |
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