《表2 糙皮侧耳基因组信息统计》

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《两个糙皮侧耳菌株的比较基因组学研究》

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注：00389-1为CCMSSC00389-1缩写，03989-1为CCMSSC03989-1缩写

AbySS 2.0对CCMSSC00389-1的原始测序数据组装后得到375个scaffold（≥10kb），使用MCSCAN以PC15的基因组作为参照，将其中的248个scaffold（序列总长的92.66%）锚定到11条染色体上。对CCMSSC00389-1基因组重新组装之后，显著提升了其组装质量：scaffold数量为138个，显著少于初始组装版本的2 529个；最长的scaffold为4.77Mb，显著长于初始组装版本的1.37Mb；scaffold N50从最初的394.8kb提升到3.067Mb（表2）。Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs(BUSCO）分析结果显示完整的BUSCO为269个（92.7%），片段的BUSCO为17个（5.9%），丢失的BUSCO为4个（1.4%），说明基因组组装完整性较高。利用MCSCAN将CCMSSC03989-1初始组装版本序列总长的95.8%锚定到11条染色体上，最终获得一个包含94个scaffold、scaffold N50为2 851kb、全长为34.73Mb的基因组序列（表2）。CCMSSC00389-1和CCMSSC03989-1基因组序列已上传至NCBI，登录号为MAYC00000000和QLNW00000000。