《表1 林木中常用的GWAS分析软件》

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《林木全基因组关联分析研究进展与展望》

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由于GWAS在复杂性状遗传基础研究中的优势其在动植物遗传学研究中的应用越来越广泛，新的软件和方法也不断被开发，功能和算法也各不相同，但多数是以一般线性模型（general linear model，GLM）和混合线性模型（mixed linear model，MLM）为基础.其中一般线性模型以群体结构矩阵（population structure，Q）或主成分分析（principal component analysis，PCA）矩阵为协变量，提高计算精度；而混合线性模型联合利用Q矩阵和亲缘关系（kin-ship，K）矩阵或者联合利用PCA矩阵和K矩阵为协变量开展关联作图分析[31].林木GWAS研究中主要用到的软件及其功能特点列于表1.