《表2 不同DNA甲基化检测方法的主要参数比较》

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《癌症液体活检新思路：数字PCR检测DNA甲基化》

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DNA甲基化的检测可分为针对基因组整体甲基化水平和特定位点甲基化的检测.整体甲基化水平主要通过测定基因组中5-mC(5'端甲基化胞嘧啶）的含量进行评定，典型的检测方法包括高效液相色谱法、毛细管电泳法和基于生物亲和吸附分析的方法等[30].关于癌症DNA甲基化的检测主要针对甲基化特定位点进行检测，包括DNA预处理和甲基化检测两个步骤.传统分子生物学技术（如细胞克隆和PCR技术）是通过杂交的方法揭示DNA序列信息，而5-mC的甲基基团位于DNA的沟槽中而不是氢键处，基于普通杂交的方法会使DNA甲基化标记丢失，从而无法区分甲基化5-mC和未甲基化的胞嘧啶.一些研究者提出，若在PCR反应中存在合适的DNA甲基转移酶，便可在PCR后保持原有的甲基化模式，该设计需要具有很高热稳定性和效率的DNA甲基转移酶来维持保真度，但该想法迄今尚未实现[31].因此，几乎所有特异性的DNA甲基化序列分析技术都依赖于扩增或杂交前DNA的甲基化预处理，以揭示在胞嘧啶残基处甲基的存在与否.DNA甲基化预处理的方法主要有重亚硫酸氢盐转换法[32]、甲基化特异性限制性内切酶法[33]和生物亲合法[34].重亚硫酸盐转化法是DNA经重亚硫酸氢盐处理后，甲基化的胞嘧啶不发生变化，非甲基化的胞嘧啶变为尿嘧啶，通过特定位点的碱基差异来检测甲基化的方法，该方法可针对任何的甲基化位点进行转换和检测.生物亲和法主要包括基于甲基化亲和蛋白的荧光检测法和基于酶联免疫反应的甲基化检测法[35]，该类方法容易出现假阳性，并且灵敏度较低.因此，现阶段最常见的检测方法主要还是基于重亚硫酸盐转换的方法和基于甲基化特异性限制性内切酶的方法，如甲基化特异性PCR、荧光定量法、限制酶切法、重亚硫酸盐直接测序法等.以上几种方法主要参数比较见表2.