《表3 MitoProt II估测盘基网柄菌DJ-1蛋白亚细胞定位的疏水性规格》

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《盘基网柄菌DJ-1蛋白的亚细胞定位研究》

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表格左侧为计算蛋白质疏水性的规格。H17:序列中疏水性高的17个残基，其数值越高，则蛋白质进入线粒体的可能性越低；MesoH:通过其延伸序列长度可以判断蛋白质的平均最大疏水性；MμHδ:18个残基在4个不同时刻的最大Eisenberg疏水矩，4个时刻分别为75\""、95\""、100\""和105\""；Hmax:螺旋

研究认为，DJ-1蛋白的亚细胞位置与线粒体有关[15]。本研究利用MitoProt II和Helical Wheel Plot软件对盘基网柄菌DJ-1蛋白的氨基酸序列进行了分析，通过其亲水性、疏水性和正负电荷与线粒体蛋白特征之间的相关性判断其是否属于线粒体蛋白。MitoProt II软件分析了盘基网柄菌DJ-1蛋白的205个氨基酸序列，其N-端13个残基被用于估测是否具有线粒体靶向序列。结果发现，其净电荷数为–3，碱性氨基酸残基数为3，酸性氨基酸残基数为0，综上认为:DJ-1蛋白位于线粒体的机率仅为15.53%，这说明，DJ-1的亚细胞位置不太可能是线粒体。分析所用蛋白质疏水规格见表3。线粒体蛋白N-端通常有线粒体靶向序列，这些序列带有正电荷，而且形成一个两亲的α螺旋，螺旋的一侧所有氨基酸残基都带正电荷，呈极性，而另一侧则呈非极性。经Helical Wheel Plot软件预测分析发现:DJ-1蛋白N-端不具有这些线粒体蛋白靶向序列特征（图2）。