《表2 Blast注释结果统计》
NR:NCBI蛋白数据库;Swiss-Prot:Swiss-Prot数据库;eggNOG:egg NOG数据库;Pfam:蛋白家族;GO:基因本体;KEGG:京都基因和基因组百科全书;All:Unigenes总数
转录组测序获得秋水仙碱处理组和对照组分别为6.39和6.96 Gb原始数据,过滤掉其中不合格的reads后,所得clean reads的Q20(clean data质量值≥20的碱基比例)分别为98.20%和98.22%。对于clean reads用Trinity进行de novo组装,经聚类去冗余共得到60 790个unigenes;然后在6个功能数据库进行注释(表2),NR数据库中获得的注释最多(达45.51%)。在NR数据库所匹配物种中,北美云杉(Picea sitchensis)unigene最多(27.41%),然后依次为无油樟(Amborella trichopoda)(9.72%)、莲(Nelumbo nucifera)(5.7%)、安祖花(Anthurium amnicola)(2.73%)和地钱(Marchantia polymorpha)(2.41%)等。
图表编号 | XD0092349700 严禁用于非法目的 |
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绘制时间 | 2019.10.25 |
作者 | 潘瑶瑶、吴博慧、童再康、卢泳全 |
绘制单位 | 浙江农林大学林业与生物技术学院、亚热带森林培育国家重点实验室、浙江农林大学林业与生物技术学院、亚热带森林培育国家重点实验室、浙江农林大学林业与生物技术学院、亚热带森林培育国家重点实验室、浙江农林大学林业与生物技术学院、亚热带森林培育国家重点实验室 |
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