《表2 徐薯18及其野生种叶绿体基因RNA编辑位点的预测与验证结果比较》

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《"甘薯及2个近缘野生种ndhA,ndhB,ycf3,atpA和rps8基因RNA编辑位点的鉴定与分析"》

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采用DNAMAN对测序后序列进行拼接，如表2所示.3种植物中5个编码基因的实际编辑位点与预测结果有很大差别.ndhA基因只在三浅裂野牵牛中存在RNA编辑，表现为密码子第3位碱基的插入和缺失，并未引起氨基酸的转变.五爪金龙中只有ndhB基因发生了碱基G→A和A→G的编辑，氨基酸转变类型与预测结果有较大差异，出现了W（色氨酸）→S、Q（谷氨酰胺）→R（精氨酸）、E（谷氨酸）→K（赖氨酸）、G（甘氨酸）→R、N（天冬酰胺）→D（天冬氨酸）这5种新转变类型.而在徐薯18中，ndhB基因都是碱基C→U的转变，氨基酸转变类型与预测结果基本一致.ycf3基因仅在徐薯18中验证出2个编辑位点，但发生的是碱基T→C以及G→A的编辑，与预测结果相比，出现了新的氨基酸D→N转变.atpA-914这个编辑位点在3个物种中是保守的，可能存在重要功能.而rps8基因并未验证到编辑位点存在.大多数编辑发生在密码子第1位，少数在密码子第2位，只有极少数编辑发生在密码子第3位，但其氨基酸并没有改变，可能是出现了沉默编辑.通过比较，只有atpA基因的1个编辑位点具有保守性，所以RNA编辑位点在这3种植物间的保守性不高，暂时无法说明这3种植物间编辑位点可能的进化关系.