《表2 黑果枸杞部分转录组SSR信息》

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《基于转录组的黑果枸杞SSR分布特征分析及引物设计》

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在黑果枸杞转录组测序所获得的101 466条Unigenes中，利用MISA软件对筛选得到的76 963条序列进行SSR位点搜索，成功搜索到20 269个SSR位点，这些位点分布在15 494条序列上（表2），发生频率与分布频率分别为15.27%和19.98%。其中，大于1个SSR位点的序列共有3 688条（18.20%），复合重复类型的SSRs约1 102条（5.44%）。单碱基重复SSR共15 167条（74.83%），双碱基重复SSR共2 570条（12.68%），三碱基重复SSR共2 417条（11.92%），四碱基、五碱基、六碱基重复SSR总共为115条（0.57%）。SSR的分布密度为0.243 kb，意味着平均约每4 kb出现1个SSR位点。搜索获得的SSR序列总长度为233.539 kb（0.30%），说明在转录组数据中SSR序列所占比例小于整个黑果枸杞转录组序列的百分之一。