《表3 C09染色体候选区间》

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《甘蓝型油菜桔黄花色基因的QTL-seq遗传分析及InDel分子标记开发》

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基于筛选后获得的SNP/InDel位点，首先计算每个混合池的SNP-index值，然后以滑动窗口的方式（窗口大小2 Mb，滑动步长为20 kb）计算每一个窗口内所有标记的平均Δ（SNP-index）值（图4B；图4C）。从图中可以看出，平均Δ（SNP-index）值波动较大，主要是由于位点总数较少导致的。虽然如此，混合池发现一个可信的主要候选区间（阈值为0.51，p<0.01），位于甘蓝型油菜的C09染色体区域（C09:4.64～8.28 Mb）（表3） 。基因组其他染色体也发现了阈值高于0.51的区间，但由于其区间非常小，达不到对其进行分析的精度，而且这些区间内的标记数也远小于全基因组的平均水平，因此这些区间属于不可靠的区间。在C09:4.64～8.28 Mb候选区间中，有101个基因发生了大效变异（large effect variant，LEV，引起基因编码的蛋白质序列改变的变异），调控桔黄色花性状的候选基因可能包含在这些发生了大效变异的基因中。