《表1 测序数据量和测序深度》

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《甘蓝型油菜桔黄花色基因的QTL-seq遗传分析及InDel分子标记开发》

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本研究共使用4个甘蓝型油菜样品，其中16G097（黄花）和J（桔黄花）为一对亲本（图1），S6311-H（黄花）和S6311-J（桔黄花）为由该对亲本衍生的BC1F1世代极端性状单株混合池。测序共获得原始数据量149.736 Gb，数据质控过滤后获得高质量有效数据149.683 Gb。样品的GC碱基含量在40.85%至42.68%之间，测序质量控制标准Q20（质量数大于20的碱基所占的百分比）大于92.91%，Q30（质量数大于30的碱基所占的百分比）大于85.51%。碱基质量良好、碱基含量平衡、测序稳定，大部分测序位点碱基质量都在Q30以上（表1；图2）。样品的测序数据比对到参考基因组的比对率均为85%左右，说明文库构建正常，没有污染。各亲本的测序深度（每个碱基上覆盖的测序读段数）平均为20倍左右，后代混合池的测序深度平均为30倍左右，基因组覆盖度（参考基因组上被测序读段覆盖到的碱基数占基因组的百分比）比例约为85%左右，符合预期（表1）。此外，各样品的测序数据都实现了均匀地覆盖参考基因组（200 kb窗口为单位统计）（图3） 。因此测序数据质量符合预期，可保证后续分析的正常进行。