《表4 测序深度及覆盖度分析》

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《基于全基因组重测序技术分析甜菜InDel标记》

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利用BWA软件（参数：mem-t 4-k 32-M）将5个甜菜品种的有效基因组数据与参考基因组比对，再利用SAMTOOLS软件去除多余的重复序列。参考基因组的大小为566.550 Mbp（表3），由表4可知，5个甜菜品种的基因组平均测序深度最大为16.41%，最小为12.87%；单碱基覆盖度占比最大为95.79%，最小为94.62%；四碱基覆盖度占比最大为88.83%，最小为85.15%。比对后5个甜菜品种与参考基因组一致的有效序列（去除重复序列）数据量为42.84 GB，有效序列的数量为2.71×109条，占参考基因组序列的99.84%。平均每个甜菜品种的有效数据量为8.57 GB，有效序列的数量为5.42×108条。结果表明，5个甜菜品种的基因组序列可用于后续的变异检测及相关分析。