《表4 测序深度评估a)：内蒙古地区母乳中乳酸菌和双歧杆菌的多样性》

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《内蒙古地区母乳中乳酸菌和双歧杆菌的多样性》

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a) “×”表示没有样品被测序

基于乳酸菌特异性引物的PacBio SMRT测序测定25份母乳样品，我们共获得了94174条序列，经过质控后保留高质量序列92608条（范围:1133～8123，平均值为3704，SD=2147）.其中剔除非特异性序列（不属于乳酸菌的序列）6818条后，保留乳酸菌序列85790条（乳酸菌序列占比为92.64%），平均每个样本序列数为3431±2122条.这些属于乳酸菌的序列按照97%的相似性阈值被划分了16701个操作分类单元（operational taxonomic units，OTUs），平均每个样本的OTUs数为1077±508个，详见表4.同样地，基于双歧杆菌特异性引物扩增后，测定了16份母乳样品共获得90890条优质的双歧杆菌属序列，平均每个样本双歧杆菌的序列数为5681±1349条.按照97%的相似性阈值划分了25984个OTUs，每个样本双歧杆菌OTUs数目为1624±323（表4）.为了评估测序深度是否覆盖了全部样品中绝大多数的乳酸菌和双歧杆菌，分别绘制了每个样品的乳酸菌和双歧杆菌香农指数（Shannon diversity index）图谱（图S1），全部样品香农曲线已进入或接近平台期，说明当前测序量已经覆盖了样品中大部分乳酸菌和双歧杆菌的多样性，满足后续分析要求.