《表1 鸡HNF4α基因密码子中含有的大肠杆菌稀有密码子分析》

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《鸡HNF4α蛋白的原核表达、纯化及特异性抗体制备》

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根据Codon usage database对E.coli密码子的使用频率和HNF4α基因中稀有密码子占比进行分析发现，稀有密码子约占全部氨基酸的19%，特别是编码精氨酸的25个密码子中有20个由稀有密码子编码，编码脯氨酸的27个密码子中有25个由稀有密码子编码，编码甘氨酸的24个密码子中有16个由稀有密码子编码（表1）。这些稀有密码子的存在很大程度上影响HNF4α在大肠杆菌内表达，针对以上稀有密码子，在不改变HNF4α氨基酸序列的前提下对HNF4α进行密码子优化，如将编码精氨酸的4个稀有密码子CGG、AGG、AGA和CGA改成CGC或CGT，编码脯氨酸的3个稀有密码子CCC、CCT和CCA改成CCG。其他密码子也尽量采用大肠杆菌偏好性密码子，优化后重新合成HNF4α。