《表1 Dv#4的EST-SSR构成》

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《基于簇毛麦No.1026转录组的SSR序列分析及其PCR标记开发》

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在总长62.76 Mb的转录组47 384条序列中，共检测到10 497个SSR位点，平均每5.98 kb有1个位点，它们分布于8 735条Unigene上。其中含有1个以上SSR位点的Unigene有1 442条。SSR有单一型和混合型2种类型，单一型重复基序的SSR位点数9979个，混合型重复基序的位点数为518个。SSR包括单碱基重复2 848个、双碱基重复1 930个、三碱基重复5 283个、四碱基重复394个、五碱基重复36个和六碱基重复6个（表1）。可见，1—3个碱基重复是No.1026转录序列中主要的SSR重复类型，而三核苷酸串联重复数量最多，占SSR总数的50.33%，其构成基序主要有CCG/CGG、AGG/CCT、AGC/CTG、ACC/GGT、AAG/CTT、ACG/CGT等10种，其中CCG/CGG基序占三核苷酸串联重复的41.66%。单核苷酸重复类型排列第二位，其出现频率为27.13%，其中A/T重复明显多于G/C重复，占单核苷酸重复的74.58%。二核苷酸重复类型排列第三位，其出现频率为18.39%，以AG为主的重复基序占二核苷酸重复类型的54.61%，而且在拟南芥EST-SSR中极为罕见的GC基序在No.1026中拥有二核苷酸重复的8.13%。4—6核苷酸的重复基序仅为SSR总数的4.15%。