《表1 新开发的多态性In Del和SNP引物》

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《水稻包穗突变体sui2的遗传分析和基因精细定位》

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在田间分别取样2个亲本IRAT129、sui2及总共608个F2分离群体中隐性（正常表型）单株的叶片，进行突变基因精细定位。叶片全基因组DNA的提取采用改进的CTAB法。首先，随机选取取样的F2单株9株与2个亲本的DNA一起构建混池，利用均匀分布于12条染色体上，且在双亲间有多态性的186个分子标记进行基因连锁分析。随后，再随机选取66个隐性单株验证连锁的分子标记，进行初定位。最后，在初定位的基础上，用新开发的多态性In Del标记对全部608个隐性单株基因型进行精细定位。新标记开发参考网站Gramene （http://ensembl.gramene.org/genome＿browser/index.html）上籼稻和粳稻日本晴的基因组序列，在初定位区间内进行序列对比寻找插入/缺失位点，用Premier3在线软件（http://primer3.ut.ee/）设计In Del分子标记，委托上海英潍捷基贸易有限公司合成（表1）。采用北京宝日医生物技术有限公司的Premix Taq进行PCR扩增，产物经8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离，染色显色后观察。利用网站（http://rice.plantbiology.msu.edu/cgi-bin/gbrowse/rice/）确定区间内ORF，利用南京诺唯赞生物技术有限公司的Phanta Max Super-Fidelity DNA Polymerase扩增，委托北京博迈德基因技术有限公司测序。