《表1 pol基因区扩增引物及反应条件》

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《德宏傣族景颇族自治州报告的HIV-1新感染者中耐药情况及其影响因素》


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2)耐药检测:(1) HIV核糖核酸(RNA)提取:使用德国罗氏诊断有限公司生产的核酸纯化试剂盒(Mag NA Pure LC Total Nucleic Acid Isolation Kit)及全自动核酸提取仪(Mag NA Pure 2.0 Instrument)提取HIV RNA,具体操作严格按照说明书进行。(2) pol基因区扩增:应用巢式反转录荧光定量聚合酶链反应(RT-PCR)扩增得到HIV-1 pol基因片段,扩增引物及反应条件见表1。(3) PCR扩增产物测序:使用质量分数1%琼脂糖凝胶电泳观察PCR产物条带,在目标位置有条带的样本PCR产物送北京诺赛基因组研究中心有限公司进行基因测序。(4) HIV耐药基因亚型和耐药分析:用Lasergene中的Seq Man7.1.0(44.1)程序编辑和拼接基因序列,并将拼接后的序列导出FASTA格式保存。用美国洛斯阿拉莫斯(Los Alamos)国家实验室的HIV序列数据库(https://www.hiv.lanl.gov/)中在线软件HIV-Blast,将最终序列与数据库中的参考序列进行比对,初步获得HIV亚型;下载国际HIV参考株序列;用Mega 7.0软件Neighbor-joining构建系统进化树,确定亚型;将最终的序列提交到斯坦福大学的HIV耐药数据库(http://hivdb.stanford.edu/),耐药标准为2014年WHO耐药监测指南推荐的12种监测药物中有≥1种耐药评分≥15[6],即判定为耐药。