《表1 土壤细菌群落共现网络和随机网络拓扑结构特征参数》

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《基于细菌共现网络的土壤粘细菌分离》

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通过构建土壤细菌共现网络分析细菌间的共发生关系，以及粘细菌?细菌子网络共现关系，以获得土壤中与粘细菌有显著相关关系的细菌，作为潜在的辅助菌。基于随机矩阵理论构建的土壤细菌共现网络可视化见图1，展示了不同细菌之间的共现关系，并在门水平上以不同颜色进行区分。网络图包含366个节点（OTU）和783条边（不同OTU之间的相互作用），其中包括11个注释为粘细菌目的节点。构建的共现网络的平均聚集系数（average clustering coefficient）、平均路径长度（average path distance）和模块性（modularity）均大于随机网络的拓扑结构参数，并且构建的网络符合幂律分布。这些参数说明构建的网络符合无标度（scale free）、小世界（small world）和模块化（modular）等网络特征（表1），表明构建的共现网络真实可靠，可用于随后粘细菌?细菌共发生关系的研究。