《表1 样本测序序列与OTU聚类情况统计表》

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《基于细菌16S rRNA基因扩增子测序数据的系统发生树图制作方法》

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本示例数据来自人体的肠道（gut）、左侧手掌（left palm）、右侧手掌（right palm）、和舌部（tongue），为了分析方便，省略了取样时间、抗生素使用情况等其它分组信息。通过封闭参考（closed reference）聚类法将有效测序序列按照≥97%的相似性归为一个OTU。采用RDP算法与Greengene 16S r RNA数据库比对，并将各OTU注释到所属的分类单元。使用Greengene数据库可以将大多数OTU序列注释到“属”水平，少部分OTU可以鉴定到“种”水平。通过上述方法将示例数据中的共177882条序列聚类成4403个OTU，在“门”和“属”两个水平上对同类的OTU进行分类鉴定，分别归属于24个门，615个属，有关样本的人体部位分组情况、OTU聚类和种属鉴定的具体情况见表1。OTUs聚类及分类鉴定结果与同时生成的系统发生树文件，可以作为后续统计分析，构建系统发生树图的基础。