《表1.与最相近模式菌株的16S rRNA基因相似度小于98.65%的分离菌株》

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《黄海日照海域部分可培养细菌的分离、初步鉴定及产琼胶酶细菌的筛选》

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16S rRNA基因序列相似度小于98.65%，可以认定为可能的新种或新属[16]。统计结果表明，有18株菌可能是新种或新属（表1），新种属的比例高达25%。其中两株菌RZ06、RZ10与最相似模式菌株的相似度均小于95%，可能代表潜在的新属[17]，其他16株菌为潜在的新种。Maximumlikelihood进化树分析显示，虽然RZ06与菌株Agaribacter marinus 8-8T聚簇（图2-A），但bootstrap值只有24%，说明RZ06有可能是新属。RZ10并不与任何一株已命名的菌株聚簇（图2-C），支持其新属的可能性。这两株菌可作进一步分类鉴定。RZ08与其最相似模式菌株Thaumasiovibrio subtropicus C4V358T的16S rRNA基因序列相似度也较低（95.83%），进化树分析表明RZ08并不是新的分支，且Bootstrap值为96%，因此应为潜在的新种而不是潜在新属（图2-B）。本研究所分离到的16株潜在的新种分布在γ-变形菌纲（6株菌）、α-变形菌纲（6株菌）和黄杆菌纲（4株菌）中，本研究所分离到的2株潜在的新属菌株均分布在γ-变形菌纲中（图1）。进一步分析表明，除了菌株RZ13之外，与本研究所分离到的其他潜在新种或新属菌株16S rRNA基因序列相似度最高的模式菌株均分离自海洋生境，例如表层海水、潮间带沉积物、海藻或者海洋动物体内（表1）。与菌株RZ13的16S rRNA基因序列相似度最高的模式菌株分离自盐水中（表1）。这些菌株的筛选为后期利用多相分类学方法鉴定新物种提供了基础。