《表5 基孔肯雅病毒分离株的重组事件分析》

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《浙江省首次分离基孔肯雅病毒全基因序列特征分析》

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利用RDP3和SimPlot3.5.1软件，检测到CHIKV-JC2012的1个重组事件:开始断裂点在11 650，结束断裂点在11 889（BootScan法，P=7.237×10-7），亲本序列为37997株和0810aTw株。同时也发现同一个基因型的毒株具有类似的重组事件，都具有相似的亲本序列且断裂点都集中在同一区段（表5）。通过用SimPlot3.5软件及BLAST对以上序列进行相似性分析，验证其重组事件，发现CHIKV-JC2012在整个基因组区域重组并不明显。